Juan nació en Capistrano, en la región de los Abruzos, en Italia, el 24 de junio del 1386, hijo de un barón alemán y una joven de Abruzos.
En Perugia estudió y se graduó en derecho civil y derecho canónico. Llegó a ser un reconocido juez, y lo nombraron gobernador del pueblo. Fue encarcelado cuando la ciudad fue ocupada por los Malatesta.
Allí en la cárcel tuvo lugar su conversión. Una vez libre, entró en el convento franciscano de Monteripido, y una vez ordenado sacerdote, se dedicó a la predicación, defendiendo la ortodoxia católica y encargándose de la reforma de la Orden desde el interior. Sus predicaciones encendían el ardor de la gente y producían conversiones, renovando espiritualmente a quienes lo escuchaban. En esta época conoció a san Bernardino de Siena, otro fraile franciscano, y lo defendió cuando fue acusado de herejía por su devoción al Nombre de Jesús.
Viajó infatigablemente por toda Europa predicando, trabajando en la reforma de las costumbres y en la lucha contra las herejías de su tiempo, entre las que iban en contra de la Regla Franciscana, por lo que fue apodado la "Columna de la Observancia", y por ello se le considera uno de los grandes reformadores de la Orden. También evangelizó a los avariciosos para frenar la práctica de la usura.
En 1456, el Papa le encargó predicar en la Cruzada contra el Imperio Otomano que había invadido la península de los Balcanes.
Viajando por Europa del Este, Capistrano logró reunir a decenas de miles de voluntarios, participando en el asedio de Belgrado en julio de ese año.
El ejército turco huyó y el propio sultán Mahoma II resultó herido. Pero tres meses después, el 23 de octubre de 1456, Juan, desgastado y enfermo de peste, murió en Villach, Austria (hoy Ilok, en Croacia).
Fue canonizado por el Papa Alejandro VII el 16 de octubre de 1690.
Patronazgo
En 1984, el Papa san Juan Pablo II lo proclamó patrón de los capellanes militares en todo el mundo. También es patrono de los juristas.
Lugares de culto
El cuerpo de san Juan se guarda en la iglesia franciscana de San Juan de Capistrano en Ilok, Croacia.
En el Convento de San Francisco en Capistrano, fundado por el santo en 1447, se concentran varias de sus reliquias.