Un libro de crónicas de 1819 relata el origen de la imagen que hospeda la Basílica Menor Una novena, publicada en 1819, escrita por un franciscano de nombre Fray Francisco G. Rodríguez, cuenta la historia de la imagen ante la que hoy rezan los devotos que visitan la Basílica Menor del Señor de los Milagros, en Guadalajara de Buga, a casi ocho horas de Bogotá, la capital colombiana.
De acuerdo al relato del fraile, cerca del año 1580, una mujer que vivía junto al río Buga había reunido setenta reales para comprar un crucifijo ante el que pudiese rezar a diario. Una vez hubo reunido el dinero, y justo cuando se disponía a emprender viaje para comprarlo, un hombre pasó por la puerta de su casa, llorando desconsoladamente: le iban a llevar a la cárcel por deber setenta reales.
En 1937, el Papa Pío XI, por medio de su secretario, el Cardenal Pacelli (quien luego sería electo Papa, Pío XIII), le concedió el título de Basílica al templo del Señor de los Milagros de Buga.
La mujer, conmovida, le dio el dinero que había reunido, y pocos días después, mientras lavaba la ropa en el río, la corriente puso delante de ella un pequeño crucifijo, que llevó inmediatamente a su casa y para el que elaboró un pequeño altar.
Para su sorpresa, el crucifijo, conforme pasaba el tiempo, iba creciendo en tamaño. A la semana, ya medía cerca de un metro de altura, y los devotos se agolpaban en la puerta, llegando incluso a arrancar pequeños trozos de madera de la figura que, así, se fue deformando progresivamente.
Así, un visitador especial de la diócesis cercana ordenó que la imagen fuese quemada y destruida. Pero, al contacto con las llamas, la imagen comenzó a sudar y a recuperar su belleza original, quedando incluso más hermosa que cuando la anciana la recuperó del río. Muchos devotos empaparon algodones con el sudor de la imagen y, de acuerdo a la crónica, quedaron sanados de sus males. De allí, el nombre de la imagen: el Señor de los Milagros.
Al difundirse la noticia, el pequeño rancho de paja de la señora se convirtió inmediatamente en sitio de peregrinación, y lo sigue siendo, hasta la fecha.
El templo actual fue construido en 1907, gracias a las contribuciones económicas de innumerables devotos y fieles, y se hizo una traslación solemne de la imagen hasta el altar que hoy ocupa.
La basílica, diseñada por el sacerdote redentorista alemán Johann Baptist Stiehle (el mismo arquitecto de la catedral de Cuenca, en Ecuador), si bien es, a grandes rasgos, un tradicional templo barroco latinoamericano, presenta ciertos rasgos discretamente neoclásicos que le otorgan cierta verticalidad a su fachada, y que la distinguen de otras construcciones cercanas, como la catedral de San Pedro Apóstol de Buga o la Iglesia de San Francisco de Asís.
En 1937, el Papa Pío XI, por medio de su secretario, el Cardenal Pacelli (quien luego sería electo Papa, Pío XIII), le concedió el título de Basílica al templo del Señor de los Milagros de Buga. Desde entonces, cientos de miles de personas acuden, a lo largo del año, a visitarle, bien sea para pedirle o para agradecerle.
